深圳市在2016年展開大型河道治理工程，解決茅洲河的污染問題，大規模修復破損、陳舊的輸水管道，從源頭著手，在河流的周邊修建多條新的污水管道，專門收集工廠以及民居的污水，輸送到沿岸的六座污水處理廠，進行「淨化」處理，禁止污水直接排放入茅洲河。

另外，當局又派員，定時清除河道的固體垃圾，出動這艘特別設計的挖泥船，在淤塞嚴重的河道進行挖掘，這艘船配有大型的鑽頭，可以將河床的淤泥攪碎，然後再透過輸泥管道吸走淤泥，在清除淤泥後，河道恢復原來的深度，大大改善茅洲河的流量。

除了茅洲河，深圳市內其他的河道，包括福田河、大沙河、觀瀾河等亦都進行類似的治理污染的工程，經過近年的努力，政府在2019年宣布全市已經消除黑臭水問題，河道恢復了原來的清澈，水質回復到合格水平，深圳市居民的生活及健康得到保障。